呼吸病专科为医院龙头学科，设立北京康益德医院中西医结合呼吸病研治中心，该中心科技成果冬病夏治FBP方案（穴位敷膏、拔罐和口服中药）防治呼吸病的推广应用，于2006年10月11日被国家卫生部批准列为卫生部十年百项计划推广项目，并通告全国各级医疗单位。康益德医院与卫生部签定在全国建立万院（点）系列工程呼吸病防治协议，面向全国县级和镇（乡）、城市社区医疗单位推广。冬病夏治FBP方案中穴位拔罐科研成果获国家专利，穴位膏药已通过国家食药监局审批，于2005年在全国上市，口服中药是国药准字号产品。呼吸病中心下设呼吸急、门诊和留观室、呼吸内科病区、胸外科病区4个独立单元科室。呼吸病中心下设小儿呼吸病组、哮喘组、慢阻肺组、肺心病组、肺间质病组、肺癌组、冬病夏治组、支气管镜组、肺功能组、过敏原检测组、呼吸病治疗组、呼吸病急诊与门诊组、呼吸病培训组、呼吸网站、呼吸病保障组等15个研究协作组，已建成合理人才梯队。在中西医结合治疗小儿、成人反复呼吸道感染、哮喘、慢支、肺炎及成人慢性阻塞性肺病、肺心病、肺间质病、肺癌等呼吸系统疾病中西医结合诊疗水平达到国内领先水平。呼吸内科病区开放床位35张，ICU床位4张，卫生部中日友好医院、北大三院、中国医科大学等多家医疗单位建立协作关系，每周均有北京三甲医院专家教授会诊、查房,对呼吸危重症、疑难病救治水平达到三甲医院呼吸科水平。
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