巧囊术后可能会影响卵巢功能，导致排卵障碍。

巧囊即巧克力囊肿，是子宫内膜异位症的一种表现形式。巧囊手术通常需要切除病变组织，包括异位的子宫内膜细胞以及周围的纤维化组织。这些手术操作可能导致卵巢组织受到损伤，影响其正常的生理功能，包括卵泡的生长和成熟、卵子的排出等。因此，巧囊术后可能会出现排卵障碍，表现为月经不规律、排卵时间延迟或缺失等症状。

此外，对于存在排卵障碍的患者，可遵医嘱使用促性腺激素释放激素激动剂进行治疗，如亮丙瑞林、曲普瑞林等。

针对巧囊术后的排卵障碍，建议定期监测卵泡发育情况，保持良好的生活习惯，避免过度劳累和精神压力，以减少对内分泌系统的影响。