出生5天宝宝阴茎水肿可能与局部血液循环受阻、尿道口炎症等病理机制有关，通常属于异常现象。

因为此时宝宝年龄较小，机体免疫力较弱，容易发生感染性疾病，所以当存在尿道口炎症时，可能会因炎症因子刺激而引发阴茎水肿的情况。

若伴有疼痛或发热等症状，则可能是由于外伤导致的血肿或者感染引起的淋巴管炎。这种情况需要及时就医以排除其他潜在病因。

家长在日常生活中应注意观察宝宝的身体变化，一旦发现异常表现应及时带其前往医院就诊。