肛门直肠疼痛可以通过中药外敷、坐浴、镇痛药物、抗炎药物、激光治疗等方法进行治疗。

1.中药外敷

使用具有清热解毒、活血止痛功效的中药材如黄连、蒲公英等研磨成粉后敷于患处，可以起到缓解局部炎症的作用。适用于因痔疮、肛裂引起的肛门直肠轻微至中度疼痛。需注意皮肤过敏者慎用。

2.坐浴

利用温水加盐或者高锰酸钾溶液坐浴的方式促进局部血液循环，减轻炎症反应，从而达到止痛的目的。对于轻度肛门直肠疼痛患者有一定的效果。但要注意温度不宜过高以免烫伤皮肤。

3.镇痛药物

通过口服或注射非甾体类抗炎药如布洛芬、对乙酰氨基酚等，阻断前列腺素合成以减轻疼痛。用于缓解由感染性或非感染性原因导致的肛门直肠区域持续性或剧烈程度较高的疼痛。须遵医嘱用药。

4.抗炎药物

通过抑制免疫应答和减少细胞因子表达来降低组织发炎的程度，间接地缓解由炎症引发的肛门直肠区疼痛。适合处理由结核病、溃疡性结肠炎等引起之长期且反复发作性之不适感。需要监测肝功能。

5.激光治疗

利用特定波长的激光精确地破坏异常组织，如增生的毛细血管或过度角化的上皮细胞，从而达到止痛目的。对于表浅的肛门直肠表面损伤、小范围的良性赘生物等情况所致的不适感觉具有良好效果。治疗前后需注意保持局部清洁干燥。

在治疗肛门直肠疼痛时，应注意避免食用辛辣刺激性食物，如辣椒、生姜等，以减少对肛门黏膜的刺激。同时，建议增加膳食纤维摄入量，如燕麦、芹菜等，有助于改善便秘情况，进而减轻相关不适症状。