半夜三更出现直肠疼痛可能是由功能性消化不良或慢性结肠炎引起的。

功能性消化不良是指消化系统无器质性病变，但经常出现上腹部不适、餐后饱胀、食欲不振等症状。而慢性结肠炎则会导致腹泻、便秘交替出现，并伴随腹痛、发热等症状。这两种疾病都可能导致半夜三更出现直肠疼痛的情况。若疼痛持续且伴有其他症状，应及时就医以明确诊断并接受适当治疗。

此外，还应考虑是否存在痔疮、肛裂等可能引起直肠疼痛的情况。因为这些疾病也可能导致局部血液循环障碍，从而引发夜间疼痛的现象。

因此，在面对此类症状时，应注意避免食用辛辣刺激性食物，以免加重肠道负担，同时还要注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯。