在南京，有多家医院能够进行HPV分型检测，以下是一些推荐的医院：

1.江苏省人民医院：作为一所综合性三级甲等医院，江苏省人民医院在HPV的诊断、治疗和预防方面具备明显优势。医院拥有先进的HPV检测设备，能够准确判断患者的病情，并进行HPV分型检测，为患者制定个性化的治疗方案。

2.南京鼓楼医院：鼓楼医院是南京大学医学院附属医院，历史悠久，医疗技术专业。医院在HPV治疗领域享有盛誉，其妇科、皮肤科以及性病科等科室均设有专门的HPV诊疗团队。医院不仅拥有国内先进的HPV检测设备，还能进行HPV分型，为患者提供多样化的治疗选择。

3.南京圣贝医院：作为南京优嘉病毒疣医学研究所附属医院，南京圣贝医院在HPV及尖锐湿疣的治疗上具有较高的专业水平。医院同样具备进行HPV分型检测的能力，能够为患者提供精准的诊断和治疗。

这些医院均具备丰富的HPV相关疾病诊疗经验和先进的检测设备，患者可以根据自己的实际情况和需求，选择合适的医院进行HPV分型检测。