人流后第三天腰酸腹痛可能是由术后子宫收缩、宫颈损伤或感染引起的。

人流术中需要使用药物引起宫缩将胚胎组织排出体外，此时可能会对宫颈产生一定的刺激和压迫，从而引发轻微的腹痛和腰部不适。如果术后未注意个人卫生或存在感染风险因素，可能导致细菌上行性感染，引起子宫内膜炎等疾病，进而诱发上述现象。

此外，患者可能因体质差异，在人流手术过程中受到的影响程度不同，导致恢复速度不一，因此出现人流后第三天腰酸腹痛的现象。

建议患者在人流后定期复查以监测身体状况，若症状持续或加重，应及时就医以免延误病情。