在新余，有多家医院可以治疗甲状腺疾病，如新余市人民医院、新余市中医院、新余第二医院等。选择医院时，可考虑医院的综合实力、专科特色、医疗设备、专家团队、患者口碑等因素。

1. 综合实力：包括医院的规模、医疗资源的丰富程度。像新余市人民医院，作为一家大型综合性医院，拥有先进的医疗设备和全面的医疗技术，能够为甲状腺疾病患者提供全方位的诊断和治疗服务。

2. 专科特色：部分医院在甲状腺疾病领域有专门的研究和治疗团队。例如新余市中医院的中医特色疗法，结合中药调理和针灸等手段，对甲状腺疾病的治疗有独特的效果。

3. 医疗设备：先进的检查和治疗设备有助于准确诊断和有效治疗。新余第二医院配备了现代化的甲状腺功能检测仪器和治疗设备，能为患者提供精准的诊断和治疗方案。

4. 专家团队：经验丰富、专业素养高的医生团队是治疗效果的重要保障。这些医院都有一批在甲状腺疾病领域深耕多年的专家，他们具备丰富的临床经验和精湛的医术。

5. 患者口碑：可以通过其他患者的治疗经历和评价来了解医院的实际治疗效果和服务质量。

总之，患者在选择治疗甲状腺疾病的医院时，应综合考虑以上因素，并结合自身的实际情况做出明智的选择。同时，在治疗过程中要积极配合医生，遵循医嘱，以提高治疗效果。