在深圳，选择治疗甲状腺疾病效果好的医院，需要综合考虑医院的医疗技术水平、专家团队实力、医疗设备先进程度、患者口碑以及医疗服务质量等因素。

1.医疗技术水平：先进的诊疗技术是治疗甲状腺疾病的关键。例如，具备精准的甲状腺功能检测技术、先进的影像学检查手段（如高分辨率超声、核素扫描等），以及成熟的微创手术技术。像深圳市人民医院，其在甲状腺疾病的诊疗技术方面不断创新和改进，能够为患者提供精准的诊断和有效的治疗方案。

2.专家团队实力：经验丰富、专业素养高的专家团队能够为患者制定个性化的治疗方案。如北京大学深圳医院，拥有一批在甲状腺领域造诣深厚的专家，他们在甲状腺癌、甲亢、甲减等疾病的治疗方面积累了丰富的经验。

3.医疗设备先进程度：先进的医疗设备有助于提高诊断的准确性和治疗的效果。深圳大学总医院配备了先进的甲状腺治疗设备，如新一代的放射性碘治疗设备，能够为患者提供更精准的治疗。

4.患者口碑：患者的评价是衡量医院治疗效果的重要参考。深圳市第二人民医院因其在甲状腺疾病治疗方面的良好效果，得到了众多患者的认可和好评。

5.医疗服务质量：优质的医疗服务能让患者在治疗过程中感受到关怀和支持。中山大学附属第八医院注重患者的就医体验，为患者提供贴心的服务，有助于患者的康复。

综合以上因素，患者可以根据自身的实际情况和需求，选择适合自己的医院进行甲状腺疾病的治疗。同时，在治疗过程中要积极配合医生，遵循医嘱，以提高治疗效果。