巧克力囊肿，即卵巢子宫内膜异位囊肿，其严重性不仅与囊肿的大小有关，还涉及是否存在宫腔炎症、粘连或水肿等并发症。一般来说，小于1-2cm的囊肿，若无并发症，通常不被视为严重；而大于2cm的囊肿，或伴随炎症、水肿、粘连等情况，则可能引发不孕和慢性盆腔痛，被视为较为严重。

在治疗上，药物疗法是常见的选择。激素类药物，如口服避孕药、孕三烯酮和达那唑，可通过调节激素水平来缓解症状。这些药物能够抑制子宫内膜的异常增殖，减少囊肿的体积，并减轻相关症状。

然而，对于性质不明或疑似恶性的囊肿，以及药物治疗无效的情况，手术治疗通常是必要的。手术可以彻底剥除囊肿，或在无生育需求的情况下选择卵巢切除，以达到根治的目的。

值得注意的是，巧克力囊肿的治疗方法需根据患者的具体情况综合判定。患者在发现囊肿后，应及时就医，遵医嘱进行科学治疗，以保障自身健康。