大脑功能有障碍，影响到大脑的直接功能。有的患者感觉、知觉较差，痛觉会减弱，甚至用针刺激他都没感觉到。另一方面的表现是情感淡漠，亲情冷漠，在自闭症儿童的心中，根本就没有什么亲情的关系，即使有时候会叫爸爸妈妈，但只是字面上的一种称呼，他们也不知道爸爸妈妈代表着什么。

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