在重庆，选择治疗甲状腺疾病效果好的医院，可从医院的综合实力、专家团队、医疗设备、患者口碑以及医疗服务等方面进行考量。

1.综合实力：包括医院的规模、科室设置、医疗技术水平等。像重庆医科大学附属第一医院，作为大型综合性医院，其在甲状腺疾病的诊疗方面拥有丰富的经验和先进的技术。

2.专家团队：优秀的专家团队是治疗效果的关键。例如陆军军医大学西南医院，拥有一批在甲状腺领域造诣深厚的专家，他们具备丰富的临床经验和精湛的医术。

3.医疗设备：先进的医疗设备能提高诊断的准确性和治疗的有效性。重庆市人民医院配备了先进的甲状腺检测和治疗设备。

4.患者口碑：患者的评价能反映医院的实际治疗效果和服务质量。重庆大学附属肿瘤医院在甲状腺疾病治疗方面积累了良好的口碑。

5.医疗服务：包括就医环境、医护人员的服务态度等。如重庆医科大学附属第二医院，为患者提供了优质的医疗服务。

总之，选择治疗甲状腺疾病的医院需要综合多方面因素。患者可以根据自身的实际情况和需求，选择适合自己的医院进行诊治。

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