在阜阳，选择治疗甲状腺疾病效果好的医院，需要考虑医院的综合实力、专家团队、医疗设备、患者口碑以及医疗服务等方面。

1. 综合实力：包括医院的规模、医疗资源整合能力、科室设置的完整性等。像阜阳市人民医院，作为一家综合性大型医院，在甲状腺疾病的诊断和治疗方面具备较为全面的医疗技术和丰富的临床经验。

2. 专家团队：专业且经验丰富的医生是治疗效果的关键。例如，阜阳肿瘤医院的甲状腺专科医生团队，他们在甲状腺疾病的研究和治疗领域有着深入的造诣。

3. 医疗设备：先进的检查和治疗设备能提高诊断的准确性和治疗的有效性。阜阳第二人民医院拥有先进的甲状腺功能检测仪器、超声设备等。

4. 患者口碑：通过患者的评价可以了解医院的实际治疗效果和服务质量。一些患者反馈阜阳中心医院在甲状腺疾病治疗方面服务周到，效果良好。

5. 医疗服务：包括就医环境、医护人员的服务态度等。阜阳友好医院注重患者的就医体验，为甲状腺疾病患者提供贴心的医疗服务。

总之，在阜阳选择治疗甲状腺疾病的医院时，应综合考虑以上因素，并结合自身的实际情况做出选择。建议患者在就诊前，可以通过网络查询、咨询他人等方式，对医院进行多方面的了解，以便获得更好的治疗效果。

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